目前水稻生产上常用的育秧方式主要有湿润育秧、旱育秧、薄膜保温育秧、两段育秧，软盘(塑盘)育秧和工厂化育秧等。
(1)湿润育秧。也叫半旱秧田育秧,是介于传统的水育秧和现代的旱育秧方式之间的一种育秧方法。主要采取秧田水，开沟作畦,湿润播种,扎根立苗前保持秧田湿润通气,扎根立苗后间歇灌苗整齐,不易发生生理性立枯病.N秧留生长。它是目前最常用的基本育秧方法。这种育秧方式主要应用于早春育秧,对秧田增温,保温,保湿,预防低温冷害,防止烂芽、烂秧和提高成秧率十分有效,有利于适时早播和培育壮秧。在我国南方采用薄膜保温育秧可提早播种期10~15天,北方可提早播种期20~30天。它是我国北方稻区和南方早稻高产栽培的主要育秧方式之一。
(2)旱育秧。是将水稻种子播种在肥沃、松软、深厚的旱地苗床上，在整个育秧过程中，采用适量浇水，只保持土壤湿润，不建立秧田水层的育秧方法。目前推广的旱育秧技术，是将秧田土壤培肥、旱耕旱整，覆膜增温保温，床土调节秧苗化控和病虫害防治等多项技术成果集成，具有操作简单方便、省工省时和省种，省地、节水的优势，能大幅度提早播种期和提升秧苗素质。它是我国寒冷地区水稻和南方双季早稻培育壮秧和实行抗寒，抗旱、节水栽培的重要育秧方法。
(3)两段育秧。就是将整个育秧过程分两段进行的一种育秧方法。第一阶段是采用密播孕有秧雷带土或不带土按一定密度寄栽到经过耕耙施肥的寄秧田中,待培育成多个分禁的大壮秧苗后,再移栽到大田。这是一种适用于多茬迟栽的育秧技术。其主要优点是成秧率高、用种量少、早发性强，可调节茬口矛盾,易获高产,可解决早播与迟栽的矛盾,提早抽穗期,以避开花期高温或灌浆期低温等不利影响,尤其适用于麦茬迟栽中稻、双季晚稻和杂交稻制种的长生育期父本秧;其缺点是增加了第二段的寄秧工序,需大幅度增加用工投入。
(4)塑料软盘育秧。是在旱育秧床或湿润秧床的基础上,利用水稻育秧专用的塑料软盘,通过人工分穴点播、种土混播或播种器精播等方式播种，按照旱育秧或湿润育秧方式管理的一种育秧方式。这种育秧方式能大幅度减少秧田面积,降低育秧成本,能够育出可以手工栽插、更利于抛栽的秧苗。缺点是难以培育长秧龄大壮秧。目前,软盘育秧抛栽是我国水稻轻型栽培的主要方式之一,正在多数地区推广应用。
(5)工厂化育秧。是指整个过程在温室或塑料大棚等设施内,由机械或人工完成育秧程序的育秧方法。它适用于寒冷地区和南方早稻。优势是能人为提供秧苗生长所需的环境条件,避免自然灾害,提高种子出苗率,成秧率和秧苗整齐度,具有省工、省肥,省水、省种的效果，适合水稻育秧产业化发展和水稻生产的标准化与机械化生产相配套;缺点是设施投入较大,适宜的秧龄较短。
有很多种不同的方式，比如说水育秧，还包括塑料软盘育秧，塑料薄膜保温育秧，湿润育苗，还包括旱育苗等等。
目前水稻育秧的方式包括：湿润育秧、旱育秧、薄膜保温育秧、两段育秧，软盘育秧、工厂化育秧。