随着食用菌栽培面积的增加，栽培时间的延长，病害越来越重，选择品种或菌株时，应以脱毒菌种为首选，以便从种源阶段为整个生产奠定技术基础。生产中注意调配基料，使其营养全面、均衡，拌料时加入三维精素，并注意病虫杂菌的预防和杀灭。
平菇：平菇栽培多以棉子壳、玉米心等为主要原料。以棉子壳为例，基本配方为：棉子壳250千克，过磷酸钙5千克，石膏粉4千克，尿素0.7千克，三维精素（拌料型）1袋。建有沼气池的农户，可在配方中加入沼渣50～100千克。杂菌基数较高时，应加入石灰粉4～5千克。
香菇：选用硬质树种的木屑，并采用“香菇专用添加剂”调配基料，使之营养平衡，菌丝充分后熟，并转色良好。香菇生产，多以木屑原料为主，基本配方为：阔叶木屑2000千克，麦麸200千克，玉米粉100千克，过磷酸钙100千克，尿素6千克，石灰粉20千克，石膏粉200千克，香菇专用添加剂1000克（1/2000比例）。
双孢菇：一般使用麦草、稻草、牛粪为主要原料进行栽培，每平方米产5～15千克，高者可达20千克，生物效率达50%，生产效益可观。栽培基本配方：麦草（或稻草）4000千克，牛粪粉2000千克，过磷酸钙100千克，尿素80千克，棉子饼60千克，石灰粉100千克，石膏粉80千克，碳酸钙100千克，菇病消40袋，食用菌三维营养精素（拌料型）16袋。建有沼气池的农户，可在配方中加入沼渣1000千克。
金针菇：多采用棉子壳、木屑等原料，也可采用酒糟、农作物秸秆等。基本配方：棉子壳200千克，麦麸50千克，过磷酸钙5千克，石膏粉3千克，尿素0.6千克，蔗糖1.5千克，三维精素（拌料型）1袋。有条件时可加入沼渣50千克。杂菌基数较高时，应加入石灰粉4～5千克。不得使用多菌灵、硫菌灵等药物。
鸡腿菇：鸡腿菇栽培，棉子壳、玉米心以及酒糟、糠醛渣等均可作为原料，基本配方：棉子壳250千克，石灰粉4千克，石膏粉3千克，过磷酸钙5千克，尿素0.8千克，菇病消5袋，食用菌三维营养精素（拌料型）1袋。
白灵菇：一般可使用棉子壳、杂木屑等作为主料，辅以麦麸等。基本配方：棉子壳225千克，玉米粉或麦麸25千克，石膏粉2千克，石灰粉2千克，过磷酸钙5千克，尿素0.5千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素1袋。