选择适当的穴盘，选择好的基质，并正确地填充基质，打孔，将种子均匀播入穴孔的中央，给种子均匀覆盖，适当浇水。这就完成了工厂化穴盘育苗的第一步工作。
基质至少要有5mm的深度才会有重力作用，使基质中的水分渗下，空气进入穴孔越深，含氧量就越多。穴孔形状以四方倒梯形为宜，这样有利于引导根系向下伸展，而不是象圆形或侧面垂直的穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
有些穴盘在穴孔之间还有通风孔，这样空气可以在植株之间流动。使叶片干爽，减少病害，干燥均匀，保证整盘植株长势均匀。
穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。而夏季或初秋，就要改为银灰色的穴盘，以反射较多的光线，避免根部温度过高。而白色穴盘一般透光率较高，会影响根系生长，所以很少选择白色穴盘。当然白色的泡沫穴盘可以例外。
经过彻底清洗并消毒的穴盘，亦可以重复使用，推荐使用较为安全的季铵盐类消毒剂，也可以用于灌溉系统的杀菌除藻，避免其中细菌和青苔滋生。不建议用漂白粉或氯气进行消毒，因为氯会同穴盘中的塑料发生化学反应产生有毒的物质。
基质的选择：
好的基质应该具备以下几项特性：理想的水分容量；良好的排水能力和空气容量；容易再湿润；良好的孔隙度和均匀的空隙分布；稳定的维管束结构，少粉尘；恰当的PH值，5.5-6.5；含有适当的养分，能够保证子叶展开前的养分需求；极低的盐分水平，EC要小于0.7（1：2稀释法）；基质颗粒的大小均匀一致；无植物病虫害和杂草；每一批基质的质量保持一致。
由于颗粒较小的蛭石的作用是增加基质的保水力而不是孔隙度。要增加泥炭基质的排水性和透气性，选择加入珍珠岩而不是蛭石。相反，如果要增加持水力，可以加入一定量的小颗粒蛭石。
表1：两种进口水苔泥炭的特性比较： 项目 浅棕色泥炭 黄褐色泥炭 结构 质地较粗，轻，透气极好，变干速度很快 质地适中，有较佳的透气性，变干的速度慢，且比较均匀，水分的供应良好。 透水性 透水速度快，炎热季节需要经常浇水，流失过多的营养物质，提高了人工和肥料成本。 透水适中，能够保存植物所需的水分和营养物质 腐殖化程度 腐殖化程度低，缓冲性能差，幼苗根系容易受PH/EC剧烈变动的影响，遭受损害并易染病 腐殖化程度适中，缓冲性能好，可以很好地保持并释放肥料。 注意以下几点：
1、基质在填充前要充分润湿，一般以60%为宜，用手握一把基质，没有水分挤出，松开手会成团，但轻轻触碰，基质会散开。如果太干，将来浇水后，基质会塌沉，造成透气不良，根系发育差。
2、各穴孔填充程度要均匀一致，否则基质量较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡； 3、播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；
4、避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子最终发芽时深浅不一。
注意：打孔的深度要一致，保证播种的深度也一致。
一般种子越大，播种的深度就越深。
四、均匀覆盖
常见的几种蔬菜种子都需要在黑暗条件下才能顺利萌发，所以选择恰当的覆盖物也很重要。覆盖物的选择要考虑几个方面：可以提高种子周围的湿度、保持良好的透气能力，以给种子提供足够的氧气。推荐使用大颗粒的蛭石作为覆盖物。而珍珠岩覆盖容易滋生青苔。
五、播种后初次浇水：
两个选择方案：种子在苗床上萌发，要先浇少量的水，待穴盘全部移至苗床后，再浇一下次透水。若种子在催芽室或简易催芽空间（草苫覆盖保湿后），那么在进入催芽室之前要浇透水。建议用雾化喷头或喷水细密的喷头。
蔬菜穴盘育苗是利用先进的设施、设备和管理技术，将幼苗的不同生长阶段放置在人工控制的最优环境中，充分发挥幼苗生长的潜力，快速度、高质量地培育出优质壮苗的一种工厂化育苗方式。任何一种可以育苗移栽的蔬菜均可采用穴盘育苗的方式，对于根系较弱、再生能力差、苗龄短的蔬菜秧苗特别适合。
穴盘育苗的秧苗，其根坨呈上大下小的四棱锥体，故又称为“塞子苗”，采用穴盘育苗培育的秧苗具有苗龄短、幼苗整齐、健壮、无病虫害、定植后还苗快等优点。利用穴盘可集中育苗、统一管理，育苗时期不受环境限制，既可大批量育苗，又可节省劳力。
穴盘育苗的设施主要有精量播种机、种子丸粒化机、穴盘、播种室、催芽室和绿化室。简单的穴盘育苗只要有穴盘（相当于一般育苗中的营养钵）及保温、保湿设施即可。目前常用的穴盘是一种长55厘米、宽28厘米、高5.5厘米的多孔塑料盘，根据穴孔的大小，有50孔、72孔、128孔等多种，不同的蔬菜种类可以选择相应规格的穴盘，如一般叶、花菜类蔬菜用128孔，茄果类用72孔。
严格的穴盘育苗，其操作过程包括播种前的准备、播种、催芽、绿化成苗等几个阶段，各个阶段前后衔接，不同阶段采取不同的管理方法。现以番茄育苗为例说明穴盘育苗的操作过程。首先是播种前的准备，包括穴盘清洗、消毒、种子处理（种子消毒和丸粒化）和基质准备。然后进入播种车间在精量播种机上进行精量播种，播种过程包括装土（基质）、压穴、播种、覆盖和浇水。之后进入催芽室进行催芽，并保持28℃左右，湿度90%以上，约2～3天后出苗。当有80%左右种子顶土出苗时，将穴盘移入绿化室，让幼苗接受光照，同时控制温度25℃左右，这样既能保持继续出苗，又能防止徒长。当幼苗出齐后进行成苗期管理，控制绿化室温度白天25℃左右，夜间15℃左右，并保持基质湿润。在移栽前7～10天进行炼苗，以使幼苗适应大田环境。