1、养殖环节病害动物数量较大。我国畜牧业的现状是饲养数量多，规模化养殖程度不高，散养户和部分中小型养殖场不符合动物防疫条件，疫病综合防治水平不高，导致病死畜禽数量较大，且无害化处理水平偏低，随意处置现象时有发生。养殖环节病害动物不仅数量较大，而且面比较广。
2、无害化处理财政经费落实难。一是病害动物财政补偿和无害化处理费用财政补贴问题。财政只对因发生重大动物疫病而予以扑杀畜禽给予适当补偿，非重大动物疫病引起的死亡的畜禽得不到财政补偿；而且财政补偿标准偏低。只有规模场病害动物无害化处理有财政补贴，而散养户和部分中小型养殖场没有财政补贴。二是病害动物无害化处理设施和场地问题。政府未投入，无害化处理场场地难落实，无害化处理设施难配备，无害化处理场难兴建，无害化处理运转经费难保障。
3、病害动物无害化处理不规范。有的畜主法制观念淡薄，随意丢弃病害动物，甚至低价出售、加工食用的情况随时发生。有的畜主即使处理也不规范。有些养殖场仅有化尸池，甚至有些养殖场连化尸池也没有；无害化处理局限于焚烧或掩埋，造成资源浪费和环境污染。并且焚烧或掩埋处理难度大，如掩埋场地难落实，有时选择了深埋场地，但遭到周围群众阻拦；掩埋不符合要求，如选址不当，不考虑周围居民区远近、水源、水位、风向等因素；掩埋深度不够，甚至出现病死动物被狗刨出或不法人员偷挖后食用、加工、销售的现象；消毒不严等。
4、无害化处理监管工作不到位。由于政府对负责病害动物无害化处理监管工作的动物卫生监督机构投入不足，监管人员的待遇低，设施设备落后，监管工作经费也没有落实；由于违法行为随时随地发生，监管难度大，案件调查取证难，违法行为处罚难，收取无害化处理费更难，处理需要人员工资、机械费用及运输费，乡镇畜牧兽医站不得不承担其不应承担掩埋畜主乱抛病死动物的费用。
1.1 养殖农户、大户、小区处置病死动物的法律意识淡薄 农村地区在动物病死后不按规定向当地动物卫生监督机构报告，不按规定处置病死动物，动物卫生监督机构也无法对其进行有效监督。
1.2 处置病死动物不规范
动物病死后，由于不按规定向动物卫生监督机构报告，动物监督机构也无法对病死动物的处置实施监督。养殖农户缺乏病死动物无害化处理常识，在处理过程中出现掩埋不深、消毒不严、处理不彻底，甚至还出现随意丢弃和加工食用的现象。不仅造成严重的环境污染，也给动物疫病防控留下隐患，而且严重威胁人民群众身体健康。 1.3 处理病死动物成本偏高
零星病死动物大多数发生在农村、养殖大户和养殖小区，基本上是以土埋的方式进行处理。由于病死动物作无害化处理成本较高，所以导致养殖户在动物病死后不愿意向动物卫生监督机构报告和主动作无害化处理，甚至逃避动物卫生监督机构的监管，同时，基层动物卫生监督机构苦于无经费支撑，病死动物无害化处理工作也无法长期坚持。