食用菌工厂化生产，是综合现代生物技术、农业技术、环境控制技术、工业技术、现代企业管理学和食用菌基础科学等等现代科技，强势结合形成的工厂化、标准化现代农业生产体系。食用菌工厂化生产本身涉及许多领域的知识，如微生物学、遗传学、生态学、栽培学、气象学，以及制冷、净化、机械、建筑、保温、保鲜、包装等方面技术。
1、食用菌工厂化生产的含义
食用菌工厂化生产的含义目前提法很多。根据我们的时间认为，食用菌工厂化生产，是在按照菇类生长需要设计的封闭式厂房中，在不同地域不同气候条件下利用温控、湿控、风控、光控设备创造人工环境，利用工业化机械设备自动化（半自动化）操作，采取标准化工艺流程高效率生产；通过现代企业管理模式，组织员工有序生产；在单位空间内，立体化、规模化、周年化栽培达到产品的安全绿色（有机）标准的优质食用菌，并通过包装、加工，品牌销售到国内外市场。其目的是提高周年复种指数，提高设施和设备的使用效率，提高资金周转使用率，在短时间内获得可观经济效益的一种新型的、集现代农业企业化管理的栽培方法。简单地说就是在厂房中封闭式、设施化、机械化、标准化、有序化、规模化、周年生产食用菌。
2、食用菌工厂化生产的要素
目前，食用菌工厂化的定义概念有多种概括，实际是对食用菌工厂化生产区别于传统农户手工作坊式生产的标志性要素概括的概括问题，只是概括的侧重不同。食用菌工厂化生产的标志性要素主要有：
（1）、有封闭的工厂厂房；
（2）、有机械化生产装备；
（3）、有环境控制设施化；
（4）、有规范化、标准化生产工艺；
（5）、有现代企业组织与管理方式；
（6）、有固定产量和规模；
（7）、是全年候周年生产；
（8）、有产品质量标准和营销品牌。
3、食用菌工厂化生产的特点
由工厂化生产的本质、要素决定，食用菌工厂化生产与传统农户手工作坊式生产比较，具有以下特点：
（1）、周年化、生产稳定：生长环境由控制系统自动调节，能达到全年连续生产不分正反季节，天天生产，全年销售，改变了靠天吃饭的局面；
（2）、规模化、产量大：日产、年产量相对稳定，一般都在几吨、十几吨或几十吨；
（3）、机械化、效率高：工厂化生产过程大多实现机械化、半机械化，相对手工操作要节约大量的劳动力。
（4）、立体化、单产高：工厂化生产空间利用高于普通大棚空间利用2―4倍，单位面积产量大大提高；
（5）、标准化、质量好：标准化生产工艺为食用菌创造了适宜的生长条件，其质量较自然环境条件下要好得多，且达到食品安全标准（无公害、绿色或有机）；
（6）、管理先进、有序生产：通过现代企业管理模式，组织员工培训上岗，分工协作，有序生产，生产管理可以通过相关的资质认证；
（7）、产品包装加工，品牌销售：优质产品通过适宜的加工包装销往国内外高端市场，有注册的品牌商标。 根据食用菌生产阶段、环节的不同，即菌种菌包（培养基）生产、出菇、产品加工生产三大环节，食用菌工厂化生产可以分段实施，也可以综合实施，进而又可分为食用菌标准化菌种菌包厂、菇厂、菇加工厂，一般以其最后产品为该厂定性、定名。有的菌界同仁不认为菌种菌包厂是食用菌工厂化生产的范畴，因其没有最后出菇。实际上，作为标准化菌种菌包厂，是否在菇厂里出菇与否并不重要，而其在温控良好的养菌室中养菌，再根据季节生产不同温型的的菌包，供应农户或者菇场出菇，这应该是食用菌工厂化的一种形式，至少是食用菌工厂化生产的初级形式。
食用菌工厂化、现代化、自动化程度，随着现代科技新技术、新设备、新材料的不断应用，会不断提高，工厂化生产在食用菌总产、栽培种类中占有的份额也会不断加大。国外发达国家高度自动化、数字化、智能化的大型菇场固然先进。我国食用菌生产处于小农生产向工业化生产的转型期，我国食用菌生产主体生产方式十分复杂，既有千家万户手工作坊式生产，又有半工厂化化生产场，又有自动化现代菇厂，菇厂规模从小到大相差悬殊。食用菌工厂化研究和推广，我国尚处于初始阶段，必定有一个逐步借鉴创新、消化吸收、循序渐进的过程，不可能一步都跃进为标准化菇厂。而大力发展标准化菌种菌包厂，以我国现阶段食用菌产业发展，是十分必要的，应当得到行业的接受接纳、认可支持。
分析目前我国食用菌工厂化生产层次的特点是：多元并存，个性化发展。首先是开发主体多元化。既有大中院校、科研院所又有企事业单位，既有国家研究机构又有民间科研组织，既有国内投入又有外资企业投入；发达国家的食用菌生产工厂化，投资和运行成本昂贵，自动化水平高，特点是大、洋、贵，且品种单一。很难适合中国的国情。研究适合中国国情的食用菌生产机械，使之适于中国的投资者、适应中国的多品种，特别重要。其次是适应品种的多元化。目前世界各国食用菌工厂化栽培品种较单一，欧美是双孢菇，日、韩是金针菇、秀珍菇，我国有四十多个食用菌商品化栽培品种，每个品种又有多种模式，既有草生菌模式又有木生菌模式，既有床栽模式又有袋栽模式，既有室内栽培模式又有园田式栽培模式；三是生产规模和自动化程度的多样化，在向工厂化发展转型的初级阶段，简单生产厂和现代化工厂还将长期共存，互相影响，也会互为补充。在投资建设中，地域、历史、习惯、市场、资金、成本等因素正确论证，确定合理的档次、层次，切不可贪大求洋。
我国食用菌工厂化生产将逐步重视自主创新，实现标准化，形成自主知识产权。食用菌工厂化的国家、行业和企业标准必须建立，开发单位应申办国家专利，保护知识产权，食用菌生产企业法规要逐步健全，使食用菌朝着标准化方向发展。近年来食用菌行业标准、地方标准、企业标准不断出台，食用菌液体菌种培养器和全禾食用菌机械获得国家专利20多项，并开始向国外注册专利。没有研发、没有标准、没有自主知识产权，或研发资质和投入不够、水平低下、服务能力不足的单位将从食用菌研发服务和推广平台中难以立足和维系。近年来，我国研制的许多先进工厂化设备不断被世界各国引进。发达国家要逐渐发展多品种栽培，一些发达国家食用菌生产水平与我国相近，都需要中国小、精、廉的食用菌生产机械，目前我国液体菌种培养器及标准化菌包生产线已销往世界二十多个国家和地区。